III. Selim’den sonra IV. Mustafa tahta geçti. Bu sırada, Yeniçeriler Tuna Nehri boylarında savaşıyorlardı. Yeniçeriler ve taraftarları Nizam-ı Cedid’e bağlı olanları öldürmeye başladılar. Nizam-ı Cedid taraftarları Ruscuk Ayânı Alemdar Mustafa Paşa’nın yanına kaçtılar. Alemdar Mustafa Paşa ise Rus harbinde başarılı olmuş ve vezirlik ünvanını almıştı.
Alemdar Mustafa Paşa, taraftarları ve ordu ile İstanbul’a geldi, Kabakçı Mustafa ve adamlarını ortadan kaldırdı. III. Selim’in tahttan indirilmesinde rolü olan ulemayı sürgün etti. Alemdar Mustafa’nın niyeti III. Selim’i tekrar tahta geçirmekti. Ancak IV. Mustafa durumu anlayınca III. Selim’i öldürtmüş, II. Mahmud’un da öldürülmesini emretmişti. Ancak II. Mahmud sarayın damına kaçmasıyla kurtulmuştu. Bu hadiseden sonra IV. Mustafa tahttan indirilerek yerine II. Mahmud geçirildi.
II. Mahmud tahta geçtiğinde, devlet tam bir karışıklık ve anarşi ortamı içindeydi. Tedbirler alınamıyor ve kayıtsız kalınıyordu. Anadolu ve Rumeli isyankar zorbaların elinde idi. Halep ihtilal içinde, Bağdat bağımsızlık davasında idi, Vehhabiler de Mekke ve Medine’yi ele geçirmişlerdi. Mısır’da ise Mehmed Ali Paşa son derece güç ve kuvvet kazanmıştı. Anadolu’da bağımsızlık taraftarı hanedanlar türemişti.
Bayraktar Mustafa Paşa II. Mahmud’u tahta geçirince bütün yetkileri elinde topladı ve devleti yönetmeye başladı. Rumeli ve Anadolu’nun bütün Ayânlarını İstanbul’a çağırdı. Hepsi askerleriyle birlikte geldiler. Devlet adamları ve ulemanın da katıldığı bu toplantıda, “Padişah’ın emirlerinin mutlaka yerine getirileceği, Vezir-i Âzam’ın emrinin padişah emri gibi olduğu, Ayânların, devletin asker alınmasına karşı çıkmayacağı”na dair kararlar alındı ve şeyhülislâm’ın fetvasıyla “Sened-i İttifak” denilen bu kararlar imzalandı. Böylece Ayânlar meşruluk kazanmış oldular.
Bayraktar Paşa III. Selim’in ıslahatlarını devam ettirmek düşüncesindeydi. Sekban-ı Cedid adıyla yeni bir asker ocağı kuruldu. Yeniçeri esamelerinin alım ve satımı yasaklandı. Yeniçeri ocağına bağlı, ancak askerlikle alakası olmayan, zanaatla uğraşan yeniçerilerin eğitilmesi kararlaştırıldı. Buna karşılık isyan eden yeniçeriler ve Bayraktar Mustafa Paşa’yı çekemeyenler onun ölümüne de sebep oldular. Sekban-ı cedid ise lağv edildi.
Bugünlerde Osmanlı devleti isyanları, ayaklanmaları yaşarken, Rus çarı ile Napolyon Osmanlı topraklarını paşlaşmanın hesaplarını yapıyorlardı. Rus çarı İstanbul’u istemişti, Napolyon ise; “İstanbul tek başına bir imparatorluğa değer.” demişti. İngiltere’nin İskenderiye’ye asker çıkarması ile bozulan anlaşma yenilendi. Ruslar ile harb üç yıl devam etti. Seri mağlubiyetler sonunda, Ruslar Basarabya, Boğdan, Eflâk ve Kuzey Bulgaristan’ı işgal etti.
Osmanlı ordusu müdafa savaşları yaptığı halde yeniliyordu. Asker bozuk, talimsiz ve disiplinsizdi. Bu arada Napolyon Rusya’ya yönelince Osmanlı devleti Ruslarla anlaşma yaptı ve Basarabya geri alındı. 1798’de Fransa’da başlayan ihtilal Avrupa’da milliyetçilik hareketlerinin filizlenmesine sebep oldu. Napolyon önce Yunanlılar’ı, daha sonra Mısırlılar’ı isyana teşvik etti. Ruslar da Sırplar’ı Osmanlılar’ın aleyhine isyana teşvik ediyor ve destekliyorlardı.
Devlete bağlı olan bu milletler, çok rahat ve huzurlu yaşamalarına rağmen; Fransa, Rusya ve Avusturya’nın kırşkırtmasıyla isyan ettiler.
İlk defa isyan eden Sırplar’dır. Rusya’nın desteğiyle Sırp isyanı başladı. Kara Yorgi adında bir domuz tüccarı gerilla savaşı yaparak bağımsızlık için isyan bayrağını açtı. Karadağ da bu isyana katıldı. Osmanlı Devleti bu isyanları bastırdı. Belgrat’ı geri aldı. Ancak Sırplar’a bazı haklar ve muhtariyetler verildi.
Rumlar ise Osmanlı Devleti’nde ayrı bir yere ve imtiyaza sahip idiler. Her türlü serbestiyete haizdiler. Lisan bildiklerinden dolayı devletin bütün hariciye teşkilatı ellerinde idi. Rum tüccarlar da devletin ticaretini ele geçirmişlerdi. Ticaret gemileri ise Osmanlı bayrağı ile bütün Akdeniz ticaretine hakim olmuşlardı. 600 civarında olan bu gemiler korsanlara karşı silahlı idiler. Ayrıca Odesa, Marsilya, Londra gibi ticaret merkezlerinde koloniler kurmuşlardı.
Avrupalı devletler ise Osmanlı’da son derece rahat ve huzurlu olan Yunanlılar’ı isyana teşvik etmeye başladılar. Ruslar Yunan isyanını başlattı. Fransızlar adalara yerleşerek isyana destek oldular.
1821’de Mora’da bütün Rumlar’ın katıldığı ve papazların idare ettiği bir isyan başladı. Patrik ve bütün papazlar bu isyanı destekledi. Kalelere sığınan müslümanlar öldürüldü. Silahlı olan Rum gemileri isyanı bütün adalara yaydı. Rumlar İstanbul’u yakmayı hedefliyorlardı. Patrikhane’nin bu isyanla ilişiği ortaya çıkınca İstanbul patriği idam edildi.
Mora isyanı, Avrupa’nın haçlı ruhunun tekrar hortlamasına sebep oldu. İsyancılar Avrupa’nın bütün devletlerinden yardım aldılar. Gaye Osmanlı’yı yıkmak ve Bizans’ı tekrar kurmaktı. İsyan gittikçe büyümesine rağmen, bastırmakta aciz kalındı. Bunun üzerine Mısır valisi Mehmet Ali Paşa’dan yardım istendi. Mehmet Ali Paşa Mısır’da çok büyük bir ordu ve donanma kurmuştu. Mısır’ı imar etmiş, ekonomik alanda çok zenginleşmişti. Mehmet Ali Paşa, oğlu İbrahim Paşayı isyanı bastırmak için görevlendirdi ve isyan süratle bastırıldı. Rusya, İngiltere ve Fransa Mora isyanına müdahale ederek, Navarin limanında bulunan Osmanlı ve Mısır donanmasını yaktılar, sekiz bin asker şehid oldu. Devlet donanmasız kaldı. Yunan isyanında elli bin müslüman Rumlar tarafından katledildi.
Bu defa Fransızlar, Mora’ya asker çıkarttı ve işgal etti. Ruslar Osmanlı’ya savaş ilan ederek Trakya’dan ve Doğu’dan girmeye başladılar. Fakat Osmanlı devletinde donanma ve ordu yoktu. Donanma yakılmış, yeniçeri ocağı kaldırılmıştı, yerine yeni bir ordu kurulamamıştı.
Ruslar, doğuda Kars, Ahıska, Anapa ve Erzurum’u aldılar. Batı’dan ise Trakya’ya kadar ilerlediler.
Osmanlı Devleti mecburen anlaşma yapmak zorunda kaldı. 1828’de yapılan Edirne anlaşmasına göre; Tuna nehri hudut oldu. Tuna deltasındaki adalar Ruslar’a bırakıldı. Poti, Anapa, Ahıska Ruslar’a verildi. Rus, ticaret gemileri boğazlardan geçecek ve serbestçe ticaret yapabilecekti. Osmanlı Devleti harp tazminatı olarak 11.5 milyon altın ödeyecekti. Bağımsız bir Yunan Devleti kuruldu. Sırbistan’a muhtariyetlik verildi. Bundan sonra ise Osmanlı Devleti dağılmaya başladı.
Sultan İkinci Mahmûd Hân verdikleri hiçbir sözde durmayan, yaptıkları anlaşmayı her defasında bozan, sözleriyle icraatları birbirini tutmayan iki yüzlü kâfirlere duyduğu öfke ve nefreti açıkça dile getirerek;
“Frenkler’in âdetleridür; kendilerinin evvelce söyledükleri sözden vazgeçmeğe aslâ utanmazlar, hemân kendülerine menfa’at sağlayacak maslahat ne ise ânı tervîce (öne sürmeye) bakarlar!” demişti. (Fuat Ezgü, “Osmanlı İmparatorluğu - Amerika Birleşik Devletleri Münâsebetleri”, İÜ Edebiyat Fak. Dok. Tezi, s. 96-97)