Rus savaşı devam ederken vefat eden I. Abdülhamid’in yerine III. Mustafa’nın oğlu III. Selim geçti. Erzak olmadığından savaş kötü gidiyordu. Askerler firar ediyorlardı.
Avusturya Belgrad’ı aldı. Bu arada Osmanlı Devleti Rusya ile anlaşarak Avusturya’yı sıkıştırdı ve Avusturya barışa razı oldu. Rusya heyetinin katılmasıyla Ziştovi’de eski hudut üzerine 50 yıl sürecek anlaşmaya varıldı. Diğer taraftan, Ruslar ilerliyor ve gittikleri yerlerdeki müslümanları katlediyorlardı. Bu sırada Fransa’da Fransız ihtilali patlayınca (1789) II. Katerina barışa razı oldu ve anlaşma yapıldı, ancak bu anlaşma da sekiz yıl sürdü.
Yaş anlaşmasına göre (1792), Kırım’ın Ruslara ilhakı kabul edildi, Özî de Ruslara verildi. Bu döneme kadar bazı Osmanlı komutanları başarı sağlamış olsalar da, genelde disiplinsizlik, askeri bozukluk, irtibat ve istihbarat eksikliği, bilgisizlik, teknik zayıflık, mevsim şartlarının düşünülmemesi gibi tecrübeye dayanan hususlarda yeterince olgun düşünemeyen paşalar sayesinde onbinlerce müslüman öldürülmüş, birçok yer Osmanlı’nın elinden çıkmış, devlet çok büyük mali sıkıntılara girmişti.
1787’li yıllarda Osmanlı-Rus savaşı devam ederken hazinede para kalmamıştı. III. Selim saltanat alâmetleri hariç, saraydaki bütün altın ve gümüş eşyaları darphaneye göndermişti.
Bu tek çaresi idi, daha önce dış borç aranmış, bulunamamıştı.
Osmanlı-Rus-Avusturya savaşları devam ederken, Vehhabiler’de Mekke’yi işgal etmişlerdi. Rumeli’de de birçok valiler kendilerinin hakim oldukları yerlerde yavaş yavaş ayaklanmaya başlamışlardı.
Özellikle bu dönemde ordu bir hayli bozulmuştu. Askerler savaşlarda harbetmiyorlardı. Teknik eğitim yoktu. Sulh zamanı ticaret ve esnaflıkla uğraşıp, eğitim görmüyorlardı. Ölen yeniçerilerin Esame defterlerini eline geçirenler haksız yere maaş alıyorlardı. Savaşa bile gitmemeye başlandı. Fakat ordunun isyanından korkulduğu için kimse bu alana el atamadı. Tımar ve Eyalet sistemi bozulmuş, tımarların gelirleri saraya bağlanmıştı. Savaş zamanı halk içinden toplanan talimsiz askerler ise savaşma usullerinden uzak oldukları için çok büyük bozgunlara sebep oluyorlardı.
Osmanlı Devleti Fransızlar’la hep iyi geçiniyordu. Ancak III. Selim zamanında Napolyon, 280 parça gemi ve 38 bin askerle İskenderiye’ye çıkarak Mısır’ı işgal etmiş, Adriyatik’deki adaları almıştı (1798). Ayrıca Napolyon, Yunanlılar’ı tahrik ederek isyana teşvik etmişti. Rusya ise, Osmanlı Devleti’ne Fransızlar’ı Mısır’dan ve İskenderiye’den çıkarmak için yardım edebileceğini belirterek, bu bahane ile sıcak denizlere inme imkânı ve Osmanlı’yı işgal etme plânı yapıyordu. Bu teklif Osmanlı Devleti tarafından kabul edilince, İngilizler kendileri de pay alabilme bahanesiyle devreye girerek Rusya’yı yalnız bırakmadı. Fransa, Mısır’ı alarak İngiltere’nin sömürge yolunu kesmek istiyordu. Rusya ise her iki devletin can damarı olan Mısır’ı ele geçirmek istiyordu. Fransız donanmasının bir bölümünü İngilizler bozguna uğrattı.
Napolyon Suriye’yi almak isterken Akka önünde bozguna uğradı. Neticede, Fransızlar Mısır’dan geri çekilmek zorunda kaldılar (1801).
Bu defa Fransızlar Malta’yı ele geçirdiler. Fakat Fransızlar ile yeniden dostluk kuruldu. Rusya ise Yunanlılar’ı isyana teşvik ve tahrik ediyordu; Eflak ve Boğdan’ı da işgal etmişti. İngilizler İskenderiye’yi işgal ettiler, ancak M. Ali Paşa buna izin vermedi. III. Selim ise büyük devletler arasında tam bir denge politikası izlemeye çalıştı, siyasetini mahirane kullanarak toprak kaybını asgarî seviyeye çekti.
III. Selim Osmanlı Devleti’nde ilk defa köklü ıslahat hareketlerine başlayan ve devletin kötü gidişini düzeltmek için çalışan padişahtır.
Bozulmuş olan asker ocağını düzeltmek ve sistemli bir askeri teşkilat kurmak istiyordu. Padişah 72 maddelik Nizam-ı Cedid programı hazırlatarak; mevcut asker ocaklarının düzeltilmesi, Avrupa tarzında yeni bir ordunun kurulması, savaş teknik ve müesseselerinin düzeltilmesi gibi kararlar aldı.
Çalışmaz ve perişan haldeki donanmayı düzeltmek maksadıyla çalışmalar yapıldı. Avrupa’dan mühendisler getirilerek yeni donanma inşa edildi. Çalışmaz durumdaki 15 tersane işletmeye açıldı. Yeni topçu okulu kuruldu.
Yeni ve sistemli bir ordu kuruldu. 12 bin kişiden oluşan bu ordu Nizam-ı Cedid adını aldı. Fakat bu ordu yine Yeniçeri ocağına bağlı idi. Zira Yeniçeri ocağı Osmanlı’da çok büyük bir kuvvetti.
Tophane, tersane ve mühendishaneler düzenlendi. Yeni toplar döküldü. Beylikler ve Âyânlar ülkede büyük huzursuzluklara sebep oluyor ve düzensizlikler meydana geliyordu. Bunu engellemek maksadıyla, Anadolu ve Rumeli 28 vilayete bölündü. Memurların, memuriyet yerlerinde 3-5 yıl kalabilmesine, Âyânların ahali tarafından seçilmesine, kadıların mutlaka memuriyet mahalline gitmelerine karar verildi.
Yeni hazine kurularak, yeni kurulmuş ordunun giderleri temin edildi.
Yapılan yenilikler devleti ayakta tutmaya yetmedi. Zira, ulemâda Nizam-ı Cedid düşmanlığı başladı. Askerlerin pantolon giymesi, yabancı subaylar tarafından eğitilmesi halk tarafından tepki ile karşılandı.
Nizam-ı Cedid ise düzenli bir ordu idi. Mısır seferinde başarı kazanmasıyla, Rumeli’de de böyle bir teşkilat kurulmasını gündeme getirdi. Fakat bu durumu Yeniçeri ordusu kabullenmedi. Kabakçı Mustafa adında birisinin önderliğinde IV. Mustafa’nın desteğiyle yeniçeriler ayaklandı. Şeyhülislâm da bu harekete destek verince III. Selim Nizam-ı Cedid’i kaldırdığını ilan etti. Fakat isyancılar bununla da yetinmeyerek ıslahat taraftarı 11 kişinin kellesini istediler, III. Selim bunları vermeye mecbur kaldı ve bir müddet sonra III. Selim tahttan indirildi.
Osmanlı Devleti’nin yetiştirdiği en büyük hükümdarlardan biri olan ve devleti yıkımdan kurtarmak için gösterdiği büyük azîm ve dirâyetle tanınan III. Selim Hân, o güne kadar başıboş ve sahipsiz kalan devlet işlerini yeniden ıslâh için saray erkânını huzûruna toplamış; onlara büyük bir sertlikle şöyle hitap ediyordu:
“Baka paşa! Vüzerânıñ def’-i mezâlimini (zulmü def’ini) ve sâir işlerini senden bilürüm. Baka sekbanbaşı! Askerî umûru (işleri) ve neferât (asker) tedâriki ve zabt-u rabt hususlarını senden ve umûr-ı mâliyye’yi (mâlî işleri) defterdâr efendi, senden isterüm. Kaldı ki Cenâb-ı Hakk derûnumu bilür, istediklerüm nefsim içün değildür. Her kim din ve devlete hıyânet ederse bâşıñ keserüm ve yerine adam bulurum, evlâdım olsa himâye etmem!..” (Ahmed Cevdet Paşa, “Târîh-i Cevdet”, c. 4, s. 291)