III. Murat zamanında Sokollu yine Vezir-i Âzam oldu. Devlet işleri yine ona bağlıydı. Ayrıca III. Murat’ın annesi Nurbanu Sultan, zevcesi Venedikli Safiye Sultan ve sarayda görevli kadınlarla erkekler devlet işlerine müdahale eder duruma geldiler.
Bu dönemde, Osmanlı Devleti Cezayir Beylerbeyi Ramazan Paşa vasıtasıyla Fas tahtında bulunan Abdülmelik’i destekledi. Ancak Sinan Reis Portekiz donanmasını yendi. Bu Portekiz’in sonu oldu. Fas Osmanlılar’a bağlandı. İran ile 12 yıl süren savaşlar yapıldı. Ordu bir hayli yıprandı. Polonya Osmanlı’ya bağlandı.
III. Murat da II. Selim gibi hiçbir sefere çıkmamıştır. Ayrıca bu dönem de Anadolu’da Celâli isyanları başlamıştır.
III. Murat zamanında saray kadınları siyasete karışmaya başladılar ve idari işlerde söz sahibi oldular.
Özellikle bu dönemde bozulma çok hızlı olmuştur. İlmiye sınıfı bozulmuş, Şeyhülislâmlar menfaate ve isteğe göre değiştirilmiş; rüşvet, lüks, süs, ihtişam alıp yürümüş, yüksek devlet makamları, ehli olmayan kişilere devredilmiş, fetih duyguları küllenmiş, cihad terkedilmişti. Lüks ve ihtişamlı törenler düzenlenmişti.
Yeni ilim ve sanat adamlarının yetişmesi için çaba sarfedilmemiş ve gerileme kaçınılmaz olmuştur.
Osmanlı padişahları daha önceden sancak beylerinde eğitim görürlerken, bundan sonra saray içinden siyasi ve askeri bilgiden yoksun olarak tahta oturdular.
Devleti idare edenler kudretli padişahlardan ziyade dalkavukluk yapan saray adamlarına kalmıştı. İstedikleri padişahı tahta oturtmak için mücadele ediyorlardı. Hatta altı, yedi, sekiz yaşlarında tahta oturan padişahlar mevcuttur. I. Ahmed tahta geçtiğinde daha sünnet olmamıştı.
Bütün düşman orduları Osmanlı’yı kemirirken askerler eğitimsiz, hazırlıksız, ordu kumandansız ve padişah çocuk olup, yöneticiler de dalkavuklar olunca yıkılma kaçınılmaz olmuştur.
Saray kadınları kendi çocuklarını tahta oturtabilmek için binbir türlü entrikalarla saray adamlarını satın almaya başladılar.
Sarayda bu karışıklıklar sürüp giderken devlete karşı isyanlar başlamış, Celâli ayaklanmalarıyla adeta devlet içinde devlet kurulmuştu. Bu isyanlar devletin asayişini bozmuş ve çok büyük zararlara sebep olmuştu. Doğuda Osmanlı Devleti’nin düşmanlarıyla işbirliği dahi yapıyorlardı. Bu olayı da Kuyucu Murad Paşa bastırmış, 70.000 celali öldürülmüştür.
Bundan sonra başarılı savaşlar yapılmışsa da Osmanlı da “Kadınlar Saltanatı” dönemi başlamıştı. Özellikle Hürrem Sultan ve daha sonra ise Kösem Sultan ile Tarhan Sultan tarihte önemli rol oynamışlardır.
Tımar sahipleri, sadrazamlara rüşvet vermek suretiyle vazifelerini yerine getirmekten, hatta harplere gitmekten kaçınma yollarını da bulabilmişlerdi. Tımar ve zeametleri her kim fazla rüşvet verir ise onlara vermek adet oldu. Sefere gidilmek lâzım geldiğinde kudretli olanlar rüşvet vererek gitmemeyi usul haline getirdiler.
Osmanlı İmparatorluğu duraklama ve gerileme dönemine girmiş, saray etrikaları ve iç huzursuzluklarla boğuşmak zorunda kalmıştı. Padişahlar ise, çok küçük yaşlarda tahta geçmişler ve tecrübesizce uygulanan politikalarla muhalif güçlere bir çok taviz verilmiş ve saraya bağımlı bir hayat tarzı benimsenmişti. Oysa daha önceki büyük padişahlar ömürlerinin son anına kadar mücadele etmişler ve devleti refah seviyesine ulaştırmak için çalışmışlardır. Fatih Sultan Mehmed son günlerinde bile Roma’yı alabilmenin hesabını yapıyordu. Bu sebeble İtalya’ya sefer düzenlenmiş, donanma denizden hareket ederek İtalya’ya ulaşmış ve Otronto alınarak sancak merkezi yapılmıştı.
Hayatının son günleri içinde karadan İtalya seferine hazırlanmıştı. Fakat ömrü buna kifayet etmedi ve bir yahudi tarafından zehirlenerek öldürülmüştü.
Osmanlı İmparatorluğu duraklama döneminde başarılı komutanlar sayesinde yine birçok savaş kazandılar, fakat bunlar devlet kademelerine yansımadı, gelir getirmedi. Çünkü İmparatorluk doğal sınırlarına ulaşmış, en uç noktalarına gelinmişti. Muhatap oldukları devletler Avrupa’nın en büyük ve güçlü devletleri oldu. Fransa, İngiltere ve Rusya güçlü birer devlet olarak Osmanlı’nın karşısında yer aldılar. Özellikle yeni kıtaların keşfi ve yeni sömürgeler sayesinde İngilizler, Fransızlar, Portekizliler, İspanyollar yeni kaynaklar, hiç işlenmemiş bölgeler, yeni zenginlikler elde etmiş oldular. Osmanlı’nın ise böyle bir durumu sözkonusu olmadı. Coğrafi keşiflerle yeni ulaşım yollarının bulunması da Avrupa’nın Osmanlı toprakları üzerindeki bağımlılığını azaltmış, İpek ve Baharat yolları değerini yitirmişti.
Avrupa bu zenginliklerle ilerlemiş, teknik alanda Osmanlı Devleti’ni geride bırakmıştı.
Yeni silâhlar icat etmişler, yeni ordular kurmuşlardı. Osmanlı ise hâlâ yeniçeriler ile uğraşıyor ve devlet içinde çok büyük tehdit unsuru olan bu askeri teşkilatı kaldırmaya kimsenin gücü yetmiyordu.
Osmanlı Devleti’nin yapısında dönmeler ve devşirmeler de olumsuz bir çok etkide bulunuyorlardı. Devşirmeler savaşlarda düşman toprakları elde edildikten sonra, toplanan gayri müslim çocuklarıdır. Bunlar eğitilerek Osmanlı’nın askeri gücünü karşılıyordu. Ancak zamanla bu sistemde bozulmuştur.
Enderun’da yetişen bu devşirmeler zamanla sarayı kontrol altına almışlardı.
641 yıllık Osmanlı tarihinde 215 sadrazam görev yapmış bunların 79’u Türk, 20’sinin milliyeti şüpheli ve 116’sı ise dönme ve devşirmedir.
Bu devşirmeler sarayda önemli görevlere getirilmişler, çoğu birer ajan gibi çalışarak değerli devlet adamlarını öldürtmüşlerdir.
Yavuz Sultan Selim Mısır seferinden dönerken bin deve yükü altın getirdi. Hazine-i Hümayun altınla doldu. Fazla gelen servetler için ayrıca ambarlar ve hazineler yaptırdı. Bunlara da sığmayan servetler ise Yedikule’deki büyük mahzenlere dolduruldu. Yavuz’dan sonra hiç bir padişah o kadar altını bir yere toplayamadığından, asırlarca Hazine-i Hümayun’un kapısı Yavuz Sultan Selim’in mühürüyle mühürlendi.
Osmanlı hükümeti işleyişi İslâmî Devlet anlayışından uzaklaşmaya başlamış, bir çok usul ihlâl edilmiş, keyfi ve uygunsuz düzenlemeler yapılmıştı.
Üçüncü Murad devrinde Üsküdar’a yerleşen ve sonraki yıllarda altı padişaha rehberlik eden Azîz Mahmûd Hüdâyî -kuddise sırruh- Hazretleri, Sultan Murad’ı devlet idaresindeki liyâkatsizliğinden ve hakka-hukâka karşı riâyetsizliğinden dolayı uyarmak için bir mektup göndermiş ve mektubunda şöyle demişti:
“Sultânım!
Şerîat gemisine binip takvâ yelkenlerini açarak, hakîkat denizinde Hakk’a muhabbet rûzgârıyla i’tidâl ve istikâmet üzere yol al!.. Zâhirin ve bâtının şartlarını, şerî’at ahkâmı ile tarîkat ve hakîkat esaslarını tam olarak yerine getir! Adâlet dedikleri işte budur!
Sultânım!
Allah’ın kulları sizden şefkat ve dahi merhamet beklerler. Eğer halka şefkat ve merhametle muamelede bulunmazsanız, ihânet etmiş olursunuz! Bu durumda onlar da kırık gönüllerle, nefret içerisinde sizden yüz çevirirler, yapageldikleri hayır duâyı da keserler!..” (“Mektûbât-ı Azîz Mahmûd el-Hüdâ’î”; Süleymâniye ktp. Fâtih, nr.: 2572)